The Ninja Warriors est un jeu de beat 'em up qui se joue de manière à défilement latéral similaire à la version arcade de 1987. Le joueur peut choisir de jouer comme l'un des trois androïdes avec des compétences de ninja: le "Ninja" lent mais puissant armé d'un nunchaku, le "Kamaitachi" rapide mais faible avec des faucilles sur ses bras, ou le "Kunoichi" équilibré qui manie des couteaux et épées. Selon l'histoire, les androïdes ont été construits par une faction rebelle pour les aider à renverser le tyran Banglar régnant sur leur nation. Après une attaque soudaine des forces de Banglar, les rebelles ont dû libérer les androïdes pour se battre, sans avoir été testés.

Le joueur peut se déplacer le long d'un seul plan, les étapes allant généralement dans une direction linéaire et se terminant par un boss. Chaque personnage a un ensemble différent de mouvements qui incluent des tirets de vitesse, des sauts, des prises, des blocs et une variété de mouvements d'attaque. Il y a un capteur de puissance qui augmente lentement avec le temps qui, lorsqu'il est plein, permet au joueur de déclencher une attaque puissante qui endommage tous les ennemis à l'écran. Le compteur se vide complètement si le joueur est projeté au sol. Certains objets, tels que les motos et les grands coffres-forts, peuvent être ramassés et jetés sur les ennemis. Les environnements présentent parfois des dangers qui peuvent blesser le joueur ainsi que les ennemis, tels que des champs de mines ou des hélicoptères armés. The Ninja Warriors a huit étapes et continue illimité. Le personnage du joueur peut être changé lors de l'utilisation d'un continue.